مشكلة طاحونة العقل هي أنها أخر ضرس بالفك من الداخل  , بعد قلعها ممكن ان يشعر المريض بالم عادي وممكن ان تودي الى الم شديد لأن موقعها بالداخل فصعب الوصول لها وتنظيفها بكفاءه وفعاليه .

لانها بالداخل ولكي يصل لها الطبيب يجب على المريض أن يفتح فمه بشكل كبير لكي يستطيع ان يقوم بإجراءات الخلع بالشكل الصحيح , فتحة الفم الكبيره ولفتره طويله لمدة ربع ساعه او نصف ساعه  أحيانا تؤدي الى الم في المفصل 

وجود بعض الانسجه في المنطقه  ممكن ان يؤدي الى التهاب والالتهاب ممكن ان يؤدي الى صعوبه في فتح الفم والاكل  ويتسرب هذا الالتهاب الى منطقة العضلات وبالتالي يبقى المريض لفترة تقارب 4 - 5 ايام لا يستطيع ان يفتح فمه .

واحده من الاعراض الجانبيه نادره لكن وارده  , اذا كانت جذور ضرس العقل قريبه على العصب الرئيسي الذي يغذي منطقة الشفه والانسجه ممكن ان يؤدي الى خدران .