للبكتيريا استخدامات واسعة في مجال الطب وتصنيع الأدوية، حيث يتم إزالة المادة المسببة للمرض الموجودة في البكتيريا ومن ثم استخدامها في المختبرات من قبل المختصين ورؤية تفاعلها مع المواد الكيمائية المختلفة ومعرفة استجابتها لأدوية معينة ومن أهم الأدوية التي تنتجها البكتريا والفطريات هي المضادات الحيوية مثل البنسلين.

حيث يتم استخدام بعض البروتينات والمواد (toxin)التي تنتجها البكتريا لتصنيع الأدوية.

كما ان للبكتيريا دور كبير في تصنيع اللقاحات وبعض أنواع الفيتامينات والهرمونات.